星修学園の学園生であった門倉甲はある日、仮想の戦場で目を覚ます。
今の自分が傭兵で、優秀なシュミクラム（戦闘用電子体）ユーザーであることを思い出した甲は、自分の部下で、唯一のパートナーである桐島レインと共に、とある人物を追っていたことも思い出す。

その人物は甲のかつての恩師、久利原直樹。
彼の所属していた研究機関が引き起こしたとされる悪夢のような事件「灰色のクリスマス」

平和な学園生活と仲間達、その全てを奪い去った事件の真相を追う甲の前に現れるさらなる謎。
立ちはだかるAI派宗教組織ドミニオン、学園時代からの因縁の相手ジルベルトの暗躍。
GOATの切り札、コマンダーの正体とは？ アークの方舟計画とは？
そして甲を助けるかのように現れる謎の現象、特異点とは何なのか？

また、次第に記憶を取り戻していく甲は学園時代の懐かしい仲間達とも再会する。
幼馴染の菜ノ葉、再従姉の亜季、親友の千夏、雅… かつてのまま、あるいはそれぞれに変わった友人達。
未だ行方知れずの真。
そして、灰色のクリスマスで永遠に失われたはずの空と、彼女そっくりのNPCクゥ。
甲の前に、度々姿を現すエージェントと名乗るNPCはクゥなのか、それとも…？

数々の謎が一つになるとき、真実の扉は開かれる。