■11eyes before 篇
在原作『11eyes -罪と罰と贖いの少女-』中登场，阻挡在主角面前的不死魔女 “リーゼロッテ・ヴェルクマイスター”。
本作将要描述这位魔女在过去与『禁書目録聖省』的6位使徒展开壮烈死战之时的故事。

■11eyes if 篇
她唯一心爱的男人，是与她在约550前并肩作战的ドラスベニア国王，ヴェラード。
ヴェラード使用拥有看见未来力量的魔具『劫（アイオン）の眼』，让时间追溯到リーゼロッテ尚未成为魔女，走向残酷命运之前的时代，为了阻止纯洁少女＂リゼット・ヴェルトール＂成为魔女而奔赴战场的故事。

■11eyes after 篇
原作『11eyes -罪と罰と贖いの少女-』1年后的世界。
由于魔女・リーゼロッテ而被迫面对严苛战斗的主角们，踏上了拯救世界的旅途，在这个过程中，主角与同伴们孕育了无法磨灭的羁绊。
草壁美鈴、橘菊理等三年级生，从虹陵館学園毕业。驱等人则进级，各自欢乐的过著和平的学园生活。
在平淡的日常生活中，他们面临了新的烦恼。